Воспитанник ФК Химки. В 2016 году переехал в город Пенза, где выступал за пензенский Зенит УОР. В сезоне 2016 году Кирилл Килин сыграл 10 матчей. В сезоне 2018 года Кирилл Килин был заявлен за основную команду.